Остров Хацунэ некогда был известен своими вишнёвыми деревьями, цветущими независимо от времени года. Два года назад вишнёвые деревья острова утратили свою примечательную способность и стали самыми обычными деревьями, цветущими только весной. Дзюнъити Асакура — старшеклассник академии Кадзами на пороге выпуска, окружён друзьями — как новыми, так и старыми. В дождливый летний день у двери дома Дзюнъити появляется загадочная девушка по имени Аисия . Она разыскивает бабушку Сакуры , чтобы изучить магию, надеясь принести счастье людям. Когда она узнаёт, что бабушка Ёсино давным-давно умерла, она выдвигает радостное предположение (основанное на некоторой путанице в её выводах), что Дзюнъити может обучить её тому, чему она хочет научиться. Даже несмотря на то, что в конце концов она осознаёт правду, Аисия не унывает и продолжает поиски магии на острове Хацунэ. Посреди её поиска академия Кадзами нанимает новый медперсонал.

Судзуки разыскивался американской армией и полицией, так как его друзья тротилом взорвали военную базу. Сам Судзуки смыться не успел. И вот, удирая по пляжу от разъяренной полиции, явилось ему видение...

Силк с двумя подругами решает поближе взглянуть на гигантского монстра, напавшего на город. В итоге все трое погибают, когда на них случайно приземляется защитник города Уфомен. Чувствуя вину за произошедшее, Уфомен воскрешает девочек и наделяет их сверхсилой.

После того, как родители Такэру Яги умерли, мальчика взял к себе на воспитание глава семьи Тома — Рокуносукэ Тома. Теперь Такэру всегда окружают люди, среди которых его лучший друг и заклятый соперник из клуба кэндо — Такэси Ямато , его сводные сёстры Котоно и Асука Сиратори , а также его подруга детства Сэри Осу . Жизнь парня была чудесной, пока в один прекрасный день мощное землетрясение не разрушило его школу. Очнувшись, Такэру лицезрит жуткую картину: его любимая школа разрушена так, как будто это столетние руины. Кроме того, Такэру обнаруживает, что все учителя и ученики бесследно исчезли. Вскоре он натыкается на Сэри и Асуку , и троица спешно покидает злосчастное место. Побродив по городу, ребята понимают, что исчезло всё его население.

Мир состоит из квантов, жизнь из воспоминаний, а картинка складывается из отдельных штрихов. Что есть жизнь в масштабах времени — мгновение между прошлым и будущим, границу между которыми способна очертить лишь наша память. Ноейн — аниме о некой взаимосвязи времен, о предопределенности и выборе, о памяти и забытом. Только увидеть единую паутину мира можно, лишь собрав вместе все ниточки отдельных судеб. Тем не менее, в Ноейн авторы попытались воплотить свою интерпретацию классической проблемы пространства-времени при том, что одноплановой сюжетной линии нет, как и одной конкретной идеи в нем нет. Есть определенная концепция бытия, которую хотят донести до зрителей, используя незамысловатую тинейджерскую историю. Поэтому сюжет Ноейн напоминает полотно, из которого постоянно лезут во все стороны нитки.

После кончины Герцога и его банды Альба и Суаре Мейра проводят свои дни, защищая граждан Южного города. Ночью в городе вспыхнул пожар. В то время, когда Альба уехала, Суаре возглавляет усилия по спасению и сплачивает остальную часть своей банды, чтобы помочь. После того, как он спасает молодую девушку из горящего здания, Суаре сражается с Иори Ягами, которая искала причину пожара.