Школьник Аюми Аидзава приезжает на лето к отцу (его родители в разводе). Городишко малолюдный и скучноватый, предок не слишком общителен, заняться нечем. Хорошо хоть, у Аюми есть новый горный велосипед. На нем можно обследовать окрестности – и обнаружить, что вдоль реки Накидзавагава летают странные светляки, что кошка тигриного окраса по кличке Тётка О-Кака не любит фотографироваться, и что почти все местные жители начисто лишены здравого смысла.

Покинув среднюю школу, Кономи Юдзухара — жизнерадостная и непосредственная, хотя и несколько наивная девушка — поступает в ту же старшую школу, что и ее друг детства Такааки Коно , который, кажется, относится к ней почти как к младшей сестренке. С началом нового учебного года, они встречают одну свою давнюю подругу — Тамаки Косаку (向坂 環), девушку сильную и волевую, часто смотрящую на других с позиции старшей сестры, а также множество других хороших знакомых. Они еще не знают, что их дружеские встречи скоро подарят им много незабываемых приключений.

В округе Аомори региона Хоккайдо расквартирована 108-я Охранная Дивизия. Находясь на удалении от наиболее интенсивно атакуемых пришельцами районов страны, рота практически полностью составлена из разного рода неудачников, которых по тем или иным причинам не взяли в куда более солидную роту Хоккайдо, и особо не готовили к проведению боевых операций. Но война на то и война, чтобы обманывать ожидания тех, кто её ведёт. Внезапно пришельцы высаживаются посреди Аомори. Никак не ожидавших такого поворота событий кадетов мобилизуют и отправляют прямо в гущу событий. Единственной надеждой вчерашних школьников в столь критической ситуации является возможность как можно быстрее познать «науку побеждать» под руководством вновь прибывшей командирши.

Сюжет повествует о передрягах, которые случились с японским школьником Сё Фукамачи и кардинально изменили его жизнь. А именно — в руки Сё случайно попадает блок био усилителя, он же Гайвер, один из трех существующих в мире, в случае активации которого человек облачается в защитные доспехи и получает усиление всех своих способностей и приобретает дополнительные. Данный блок хочет вернуть корпорация Кронос, которая специализируется на изменении генов человека, превращая последних в зоанойдов, более слабого аналога Гайвера. Зоанойд представляет собой обычного человека, который в случае трансформации превращается в монстра и получает усиление способностей, таких как сила, выносливость и т. д. Корпорация Кронос хочет заполучить Гайвера любой ценой, и вскоре в этот конфликт втягиваются знакомые и родные главного героя…

Школьницы Нагиса Мисуми и Хонока Юкисиро — полные противоположности. Яркая Нагиса — звезда лакросса с кучей друзей, а тихая Хонока — королева интеллекта. Никто не знает, что Нагиса и Хонока обладают сверхсилой и сражаются со злом. Теперь им предстоит научиться работать в паре, чтобы одолеть сильного и опасного врага.

Всему космосу грозит смертельная опасность. Чёрная дыра, появившаяся в результате войны между автоботами и десептиконами, с невероятной скоростью движется по вселенной, уничтожая всё на своём пути. Трансформерам удалось замедлить движение гигантской воронки, но только на короткое время. Оптимус Прайм, возглавляющий армию автоботов, принял решение эвакуировать жителей на планету Земля. Древний хранитель космоса прибывает на Кибертон, чтобы раскрыть секрет спасения вселенной. Для этого трансформерам нужно найти старинные артефакты, заряженные искрой Праймуса: четыре ключа, разбросанные по четырём планетам. В поисках поможет карта Вектора, указывающая точное нахождение ключей. Для их поиска собирается отряд во главе с Оптимусом и отправляется в путь. В это время Мегатрон, главный враг автоботов и лидер десептиконов, тоже решает захватить артефакты, чтобы с их помощью завоевать космос.