События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет её прямиком на Землю. Падение её вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон поверхности Земли. Это вызывает взрыв ненависти «натуралов» к «координаторам», и при поддержке «Синего космоса» конфликт вновь разгорается…

Японского студента Рейдзи похитили, когда он путешествовал по США. Организация, похитившая парня, называется Инферно. А причиной похищения стало то, что Рейдзи увидел, как работает киллер этой организации — девушка под псевдонимом Фантом. В итоге Рейдзи промывают мозги и делают из него такого же киллера.

Однажды из большого дома семьи Ханауке уезжает по делам дедушка, который и купил этот дом давным-давно. Контроль над домом ложится на плечи старшеклассника Таро, который в этом ничего не смыслит. На помощь парню приходят служанки, которых в этом доме больше, чем членов семьи. Но в этом и заключается основная проблема Таро: он не переносит женского коллектива, который уже давно работает на его дедушку-миллионера.

Из-за низкого роста парень Кэндзи Хатано вынужден забыть о мечте стать профессиональным бейсболистом. Тренер советует Кэндзи попробовать силы в гонках на скоростных катерах. Случайная встреча с бывшей девушкой даёт парню серьёзную мотивацию заняться новым видом спорта, ведь она пообещала возобновить отношения, если в течение трёх лет Кэндзи станет лучшим гонщиком Японии.

По воле случая две царственные особы меняются телами и теперь вынуждены не только мириться с этим обстоятельством, но и управлять государством.

Потеряв всякую надежду, королева давно обреченной на смерть гигантской замороженной планеты ]-Метал приказала всем поданным заменить свои тела на механические, чтобы дать им последний шанс на выживание. Но цена новых бессмертных тел оказалась высока — все жители планеты утратили человеческий разум. Превратившись в бездушного робота, Ла Андромеда Прометия II , королева ]-Метал, решила механизировать все человечество. Дочери королевы, Мэйтэл и Эмеральда, увидев последствия использования искусственных тел, встали перед выбором: бороться с людьми против механоидов или же последовать пути своей матери. Мэйтэл, после того как отказалась механизировать свое тело и сбежала с родной планеты, получает от обретшей прежний человеческий разум матери предложение вернуться домой и стать новой правительницей ]-Метал. Но действительно ли королева вернула свою человечность?