Напряжённость отношений шаткого перемирия между натуралами и координаторами приводит к новой войне между Земным Альянсом (EA) и PLANT. Свен — боец элитного отряда Земного Альянса, выполняющий миссии по устранению координаторов и их баз. Селена — исследователь-координатор, занимающаяся разработкой проекта «GSX-401FW Stargazer». Хотя из-за происхождения они находятся по разные стороны баррикад, развивающаяся война заставляет их пути пересечься.

Нарасаки — необычный город. Над ним вечно висит волшебная радуга, а люди обладают способностью, которую называют Дар. Дар позволяет, благодаря взаимным чувствам двух людей, один раз совершить чудо. Никто не знает, откуда он появился, но хранят его как подарок для самого любимого человека. История вращается вокруг старшеклассника Харухико Амами, его подруги детства Кирино и его сводной сестры Рико, с которой он был вынужден расстаться пять лет назад, казалось бы навсегда, но теперь она вернулась.

Детектив Куро Дайдзюдзи давно на мели. Вдруг – неслыханная удача! – ему предлагают высокооплачиваемую работу, причем исходит заказ от могущественной корпорации «Хадо», которая заправляет всем и вся в Аркам-Сити. Правда, заказ обещает быть опасным – юный президент, Рури Хадо, потребовала от сыщика найти настоящий гримуар – книгу заклинаний, а за такими редкостями охотятся воинственные секты и зловещая Черная Ложа… Однако, чего ни сделаешь за наличные!

Харуто Каваи состоит в киноклубе. Он хочет осуществить свою мечту — снять свой собственный фильм. Но он теряет страсть к его снятию, когда узнает, что лучший друг, а также хороший соперник парня, Юскэ ], скоропостижно скончался в прошлом году. Однажды Харуто встречает Махиро Сэндо . Она просит Харуто снять с ней фильм. Также она говорит, что была вместе с Юскэ, когда тот погиб, и что он умер из-за неё. К тому же, сестра Юскэ, Аска Хина , упрекает её в убийстве брата.

«Магия — не игрушки» и «Читай инструкцию до конца» — вот две истины, которые Нэги позабыл донести до своих верных подмастерьев Юэ и Нодоки. А девушки, естественно, поспешили исполнить любовное заклинание, призванное связать вместе обожаемого сэнсэя и застенчивую Миядзаки.

Во время весенних каникул учитель Нэги со своим классом отправляется в поездку на красивый остров. Однако спокойного отдыха не получается, поскольку Асуна затаила серьёзную обиду на Нэги, а её друзья стараются их помирить.