Коу, неуклюжий новичок в отряде воздушных флибустьеров «Красная рысь», находит главное сокровище своей жизни: представительницу древней расы Эдель-Райд. Рен поначалу 1299 кажется беззащитной девочкой, но в ней скрыта сила, за которую многие готовы пойти на убийство. Когда Коу решает оберегать Рен в ее путешествии, юноша моментально приобретает новых друзей и обзаводится опасными врагами.

Несколько сот лет назад человечество совершило большую ошибку, и ошибка эта обошлась слишком дорого. И случилась великая катастрофа, и прокатился по Земле Армагеддон, и те, кто остались в живых, позавидовали мертвым. Ибо вместе с бедами на нашу планету пришли некие таинственные существа.

Прошло 4000 лет с тех пор, как человечество оставило колыбель цивилизации, планету Земля. Окруженное враждебными Gnosis, человечество пытается найти способы победить угрозу своему существованию. Развитие KOS-MOS (специализированный андроид с удивительными способностями) инженером Shion Uzuki было откликом на угрозу. Но когда их судно разрушили Gnosis, Shion и ее товарищи оказываются в центре сражения.

По пустыне идёт девочка Арика Юмэмия. С младенчества разлучённая со своими родителями они ничего о них не знает, кроме того, что её мама когда-то была отомэ. И теперь Арика идёт в Уиндблум, где находится единственная в мире школа, обучающая отомэ — Гардеробэ. Она надеется найти какую-либо информацию о своей матери, и, возможно, и самой стать отомэ.

Считалось, что за пределами нашего мира есть существа, полностью отличные от тех растений и животных, что нам знакомы. Люди боялись этих странных созданий с древнейших времен. И с тех давних пор стали называть их муси. Также есть и люди, изучающие этих загадочных существ. Главный герой аниме - Мусиси (специалист по муси) Гинко. Он обладает особыми возможностями, которые позволяют ему видеть и чувствовать муси. Путешествуя без какой-либо конкретной цели, Гинко всегда готов помочь нуждающимся в нем людям.

Торамизу Гинта каждую ночь видит сны о волшебном мире и мечтает попасть туда. Из окружающих лишь его подруга Коюки верит в реальность сновидений Гинты, а прочие только насмехаются над его фантазиями. Наконец, мечта Гинты становится реальностью, и перед ним открываются врата в Небеса МАР. Попав туда, первое время Гинта лишь наслаждается пребыванием в этом волшебном месте, но вскоре суровая действительность предстаёт перед ним: в этом мире существует страшное оружие — АРМы. Совсем недавно здесь окончилась страшная война, которая велась с помощью АРМов, оставившая после себя лишь разруху и пепелища. И если никто ничего не предпримет, война разгорится с новой силой.