В недалёком будущем человечество сталкивается с угрозой в лице «Океанской Империи», захватившей контроль над мировым океаном с помощью новейших военных технологий. Для борьбы с ними многие страны усиливают свои военные и, особенно, подводные флота. Японский вариант «машины для спасения мира» — Суперсубмарина 99, построенная гениальным учёным Оки Джузо. История рассказывает об Оки Сусуму, главном механике СС 99, а также других членах экипажа и их приключениях с целью спасения Земли.